בשונה מרוב האירועים והארגונים באותה תקופה שמרן הרב קוק היה קשור אליהם וניתן למצוא חומר רב על פעילותו בהם, הרי שלגבי מחתרת חשובה זו אין שום זכר בחומר הארכיוני של הרב קוק זצ"ל.
הסיבה פשוטה. בכל אותן שנים שפעלה המחתרת, שנות מלחמת העולם הראשונה, הרב היה בחו"ל. ביקור שהיה אמור קצרצר הסתבך, בשל מלחמת העולם, והרב נתקע בלונדון ובשוויץ שנים ארוכות. כמובן כל אותן שנים הוא עדיין היה חותם: הרב מיפו.
בכל אופן הרב לא היה בארץ בשנות המלחמה, וממילא לא היה בקשר עם אנשי המחתרת ולא הביע דעה בעדה או נגדה וכו'.
בשנת תרע"ה היתה מגפה של ארבה בארץ. הרב חרל"פ כותב על פי סוד עליון, כי היה לכך קשר לעזיבת הצדיק את הארץ. כשהצדיק מתרחק מהארץ, יורד חושך לעולם ובמיוחד לארץ.
כלומר לפי המבט הרוחני למעשיו של הצדיק ישנה השפעה גם על מה שנעשה במרחק גיאוגרפי רב.
בכל אופן הרב קוק הכיר מקרוב את משפחת אהרנסון. בעת מסע המושבות בשנת תרע"ד כנראה הוא אף התארח אצל משפחה יקרה ואמידה זו. שיחה מעניינת מאוד שהיתה בינו לבין ר' פישל אהרנסון, אבי המשפחה, פרסמנו בעבר.
עם אהרן אהרנסון היתה מתוכננת להיות פגישה במסע אחר, אולם רצתה ההשגחה והפגישה נמנעה מסיבה טכנית, שבדיוק באותו היום אהרן לא היה בחווה בה נהג להיות מדי יום.
הרב כתב מכתב חם ונלהב לאזכרת אהרן אהרונסון בירושלים, שבה השתתפו באי־כה ועד הצירים, מנהלי בתי הספר העברים ומוריהם וכמה מחשובי העסקנים, כמו בן־יהודה, ד״ר לוי, ד״ד ויץ ואחרים: ״קבלו נא, אלופי היקרים, את רגשי השתתפותי בהוקרת שמו וזכרו של המנוח הנעלה, העובד החרוץ, אשר לא ידע לאות בעבודת בנין ארצנו הקדושה…".