רגילים לומר, וכך נכתב בספרים רבים, כי הקשר ההדוק בין הרי"מ חרל"פ לבין מורו ורבו מרן הרב קוק, החל בחג השבועות תרס"ד. הרב חרל"פ מספר שהוא התרגש מאוד משירת האקדמות של הרב:
"ומאותה שעה ואילך דבקתי בהרב באהבה עזה והייתי לתלמידו וחסידו לעולם".
והנה, מצינו עדות מפתיעה של הרב ישראל פורת, מגדולי תלמידיו של מרן הרב זצ"ל, שהיה בקשר עם הרב עוד לפני הרב חרל"פ, המספר לפי תומו כך:
"ביום אחד, בהיותי בירושלים, נפתעתי לראות את הגרי״מ הולך ובא אלי לבקרני בביתי. בענוות קודש ובפשטות נפלאה ביקשני להמליץ עבורו לפני מרן ז״ל לקבלו בתור תלמיד. נדהמתי לשמוע הצעתו, לפי שידעתי שנשמת רבנו ז״ל חוצבה מגנזי מרומים אחרים לגמרי. לא בדידות, התרחקות והתחמקות היו מנת חלקו, אלא עריגה מתמדת השואפת לטוס למרחבי שחקים, ולחבק זרועות עולם, בהמיית רוח כביר ובכמיהה נפשית עמוקה לתקן את כל העולם כולו במלכות ש-די".
אי אפשר להבין סיפור זה אם נאמר שכבר בימים הראשונים לשבת הרב קוק בארץ, שבועיים אחר עלייתו ארצה בכ"ח אייר תרס"ד, כבר נוצר קשר הדוק בינו ובין הרב חרל"פ. שהרי לפי עדותו של הרב ישראל פורת, נצרך הרב חרל"פ לעזרתו כמתווך בינו ובין הרב קוק, שלא הכירו כדבעי.
נקודה נוספת הזוקקת בירור היא העובדה שבקובץ 'הד הרים', בו פורסמו אגרות הרי"מ חרל"פ אל הראי"ה, לא מצויות אגרות מהשנים הראשונות של הרב ביפו, אלא רק משנת תרס"ז ואילך.
לכן נראה לומר בפשטות, שאמנם הרב חרל"פ העריץ מאוד את הרב קוק בין השנים תרס"ד – תרס"ז, אך עדיין לא היה "תלמיד מובהק" שלו עד שנת תרס"ז, ואז ביקש מר' ישראל פורת שימליץ עליו בפני הרב.
והדברים עדיין עלומים, וזקוקים לבירור מתוך כתבי יד שטרם פורסמו.