בספר 'בנין יוסף' מובא שיריו המופלאים של ר' יוסף, שהראי"ה קוק התבטא עליהם: "מעיין של רעיונות ורמזים נפלאים, מעיין ישועה הם בדרכי הגאולה, בנין ירושלים ושיבת ציון, וללומדם אנו צריכים".
השיר המופלא ביותר הוא זה שמספר על גילוי שמימי נשגב שזכה לו רבי יוסף, ובו התגלו אליו אבות משפחתו וכן הגר"א מוילנא, ומצווים אותו להמשיך וליישב את ארץ ישראל, ולא להקשיב ליהודים המניאים אותו מכך:
"בחלומי חזות שדי קדושה ונוראה.
בתוככי עיה"ק קריה נאמנה.
יושב אני בחדר ספרי "ראש אמנה".
בבית מדרש ר' הלל א"ז [=אדוני זקני] ולומד ברננה.
ועל ידי אבא ז"ל [=רבי אברהם בנימין ריבלין] בהדרתו המלאה.
מבאר לי היטב על דרך הכוונה:
סוד קץ המגולה במסכת מגילה.
ובסנהדרין לפי הגאון רבנא.
פתאום קול מתוכחים בסוגיא דנא.
יוצא מבית המדרש באותו ענינא.
ביניהם קול המגיד [=רבי משה מגיד ריבלין] מנהיג העדה:
"השעה מאוחרה", קורא התלונה.
"נקרא לנער בכל עת לחננה".
"יוסף יושעה", קרא השמש, "בא נא הנה".
אני ואבא מהרנו למדרש פנימה.
ולפנינו מחזה נשגב ונורא:
בית המדרש כולו מלא זיו ואורה.
מקשט ומהודר כמו בשמחת תורה.
"ראה, בני", לחש לי אבא, "תבין המאורע. –
המסובים הללו הם תלמידי הגר"א.
הנה שם הסבא ר' הלל ובידו גמרא.
עצור נא ברוחך ותשמע את המטרה".
מדי דברו אלי וכולם קמו ביראה.
אל בית המדרש נכנס כבוד הגר"א.
במתק שפה ועליו השכינה מאירה.
בקש את הקהל לשבת ופתח בהסברה.
נושא ראש דברו על ירושלם הבנויה.
של מטה ושל מעלה "כעיר שחברה".
ימין ושמאל תרחיב מקום אהלה.
"פרזות תשב", קראו כלם בסערה.
מי יקום במקום "קדשו" נקרא.
בשליחות דמב"י [=דמשיח בן יוסף] כמו בימי עזרא.
יפרח מטהו נבחר ליעודו דמב"י.
לבנות מרחביה במצות "הרחיבי".
נפעם ונרעש בראותי עיני כולם בי.
חשתי ולא התמהמתי להביע כאבי:
"רבותי קדושים מוסדי בנין עולם.
הן מגמתכם היא הסוערת בקרבי.
בקשו רחמים בעדי ובעד יעודי.
כלפי הקובעים כי דיבוק רע בקרבי".
"ידענו", עונים בקריאה אדירה;
"ידענו צערך הרב ונפשך בצרה.
לכן נועדנו פה לומר לך ברורה.
אין בך לא דיבוק רע ולא רוח רעה".
"י-ה שוכן ב"ציון" שמך בה בחושבנא.
"רוח קדש" באבי"ב ימיך טהורה.
נחזק פעלך ועוזריך בחברה".
נתלוו כלם לברכת הסבא והגר"א:
"קמה אלומתך ונצבה מטך יפרח.
כל אשר עושה יוסף ה' בידו מצליח".
וכלם פותחים בשירה "קומי אורי".
כי בא "אורך" כבוד ה' "עליך יזרח".
אף שמי ורשם אבותי ארבעה דורות.
נרמזו בזה הפסוק בגימטריאות.
ובמחזה עוד רבו אותות פלאות.
יודעי חן. תמכוני. לפתור הכוונות.
השירה נמשכה בעוז ותעצומות.
ירושלים תבנה תשב תשב פרזות.
ה' חומת אש לה בשבתה פרזות.
ירושלם בנויה תשב פרזות.
והקול קומי אורי מכוון לקראתי.
מי ימלל רגשות שמחתי גם בכיתי.
ואומר אכן הנה קמה אלמתי.
עד כאן חלום יוסף ראשון בחזותי.
משמים הוראה לי לחזק שליחותי.
כאורים ותומים בכל מצעדי פעולתי.
שום דבר לא יזיז משהו מאמונתי".
